Ein entscheidender Faktor für die Umweltverträglichkeit der Anlage ist die Art des Transportes. Immerhin handelt es sich dabei um die Anlieferung von ca. 500.000 Tonnen Müll pro Jahr und den Abtransport von deren Reststoffen.

Ziel der EVN Abfallverwertung NÖ war es, den Antransport der Abfälle ebenso umweltfreundlich zu gestalten wie die gesamte Anlage selbst. Daher transportiert die EVN 90% der Abfälle und nahezu sämtliche Reststoffe aus der Verbrennung mit der Bahn. Nur die Abfälle aus der unmittelbaren Umgebung, die auch jetzt schon mit dem LKW vor Ort gesammelt werden, kommen mit dem Müllsammelwagen und werden in einem speziellen Schleusensystem zur Verhinderung von Geruchsbelästigungen direkt in den Bunker entladen. Es handelt sich dabei um ca. 10% der Müllanlieferungen. Der mit der Bahn angelieferte Müll kommt in Spezialcontainern zur Anlage.